Le conseil scientifique est un organe consultatif, élu pour une période de 3 ans, il est appelé à donner son point de vue concernant tous les problèmes de politique générale de l'enseignement au sein de l'Institut. Il est aussi compétent pour toute autre question qui lui est soumise par le directeur.

Le conseil est composé du directeur, du secrétaire général, du directeur des études et des stages, des représentants du personnel enseignant ainsi que de quatre représentants des étudiants: deux du premier cycle, un du deuxième cycle et un du troisième cycle et de quatre représentants de l'environnement socio-économique. Le conseil se réunit sur convocation par le président.